Công ty cổ phần Công trình công cộng Hội An là doanh nghiệp nhà nước hoạt động công ích được thành lập theo Quyết định số 1992/1998/QĐ-UB ngày 15/10/1998 của UBND Tỉnh Quảng Nam, trên cơ sở Nhà máy nước Hội An và bộ phận Vệ sinh môi trường từ Phòng Quản lý đô thị Thị xã Hội An (nay là Thành phố Hội An). Đến tháng 3/2003, tách bộ phận sản xuất nước sinh hoạt nhập vào Công ty Xây dựng và Cấp thoát nước Quảng Nam. Trong quá trình hoạt động của công ty, do nhiều nguyên nhân khách quan và chủ quan nên công ty vẫn hoạt động với mô hình đơn vị sự nghiệp có thu từ năm 1998 đến 2007. Đến cuối năm 2008, cùng với bộ đơn giá dịch vụ công ích tại Hội An được phê duyệt, công ty đi vào hoạt động đúng theo mô hình doanh nghiệp nhà nước hoạt động công ích theo đơn đặt hàng của UBND Thành phố Hội An.

Đến năm 2010, Công ty chuyển sang mô hình Công ty TNHH một thành viên Công trình công cộng Hội An theo Quyết định số 993/QĐ-UBND ngày 25/3/2010 của UBND Tỉnh Quảng Nam và hoạt động ổn định.

Đến ngày 05/8/2013 Công ty chuyển sang Công ty Cổ phần Công trình công cộng Hội An.